合同会社(LLC)を含む会社組織は、１年に１度決算をします。つまり決算期から２ヶ月以内に法人税の申告をしなければいけません。（例えば１２月決算の場合は２月末までの申告になります。）
比較的規模の大きい会社の場合は経理専門の従業員を雇ったりしますが、小規模の会社の場合はそんな余裕はありません。ご自身でするか税理士に任せるかになります。
ご自身でする場合は、まず会計ソフトの購入です。（法人の経理はエクセルでは無理です。必ず会計ソフトを購入してください）
将来会社の規模が成長したときには必ず税理士に任せることになりますので、できれば会計ソフトでそのまま移行できるように準備をしておけば後々手間が省けます。
一般的に良く使われる会計ソフトは弥生会計です。少々お値段はしますが高性能でこれ一つあればほぼどのような経理もカバーできます。
また、領収書の整理など特に決まりはありませんが、きっちりと保管しておく必要があります。特に設立直後は、事務作業より営業に力を入れられると思いますので、後々混乱しないように最初の段階でご自身のルールを作っておくのがいいでしょう。
経理に関しては不安な社長さんも多いかと思います。法人の経理は個人事業と違い、複式簿記という厳格な方式が求められかなり複雑ですので最初から税理士に任せてしまうのが得策と言えるでしょう。